Главным героем сериала, является Третье Дитя, пилот Евангелиона-01, Синдзи Икари. Он необщителен, практически не имеет друзей и сомневается в ценности своей жизни. Так как он отвергнут отцом, он считает себя ненужным никому. К происходящему вокруг него зачастую относится с полным безразличием, даже если его бьют или ругают. Тем не менее, несмотря на свое отношение к себе и окружающему его миру, он все же не способен на самоубийство. Несмотря на то что Синдзи является прирожденным пилотом, он абсолютно не интересуется своей работой и периодически пытается оставить место пилота.
Схожим характером обладает одна из главных героинь сериала — Первое Дитя, Рей Аянами. Она редко проявляет свои эмоции и среди однокласников считается нелюдимой. Тем не менее, несмотря на это и на то что первые попытки Синдзи сблизиться с нею успехом не увенчались, впоследствии Синдзи смог добиться более теплого отношения к себе с её стороны. Рей сохраняет спокойствие практически в любой ситуации и с полным безразличием относится к любым попыткам завязать с ней ссору, хотя в принципе её можно вывести из равновесия. В отличии от Синдзи — всегда готова сама вызваться на ту или иную опперацию. Как поясняет она сама, она пилотирует Еву потому что у нее больше ничего нет.
Другая главная героиня, Второе Дитя, Аска Лэнгли Сорью в отличии от Синдзи и Рей обладает вспыльчивым характером. Периодически грубит окружающим и ведёт себя отталкивающие. Она стремится быть лидером среди пилотов, однако плохо работает в команде. Так, например, она может игнорируя советы Рей, водить пилотов кругами по Геофронту. Несмотря на то что при желании Аска может быть достаточно коммуникабельной, друзей практически не имеет. Как и для Рей, пилотирование Евангелиона для неё — важная часть жизни. Фактически, пилотирование является для неё смыслом существования и утратив возможность быть пилотом, она в итоге сходит с ума.
Опекуном Синдзи, а позднее и Аски становится капитан Nerv, Мисато Кацураги. Она общительна, жизнерадостна, легко находит общий язык с другими людьми но тем не менее ограничивается лишь поверхностными контактами. В повседневной жизни она ведёт себя по детски, ленива и абсолютно не следит за порядком в своей квартире. Несмотря на это, в боевых условиях всегда собрана. Работа в Nerv для неё, способ отомстить Ангелам за своего отца погибшего во время Второго Удара. С целью победы над Ангелами она может предлагать абсурдные планы с мизерными шансами на успех, однако в итоге они приводят Nerv к победе.
